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Mercator Océan est porté par 5 associés, les acteurs nationaux de l’océanographie opérationnelle en France :

CNRS

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Centre National de Recherche Scientifique
IFREMER

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Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer
IRD

IRD

Institut de Recherche pour le Développement
Météo France

Météo France

Service météorologique et climatologique national
SHOM

SHOM

Opérateur public pour l'information géographique maritime et littorale de référence

Le CNES, membre fondateur de Mercator Océan pour contribuer au démarrage de son activité opérationnelle, utilisatrice de données satellitaires, n’est plus un associé mais demeure un partenaire privilégié.